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DISTRICT 37

なにか

Ubuntu15.10にCRANからRをインストールする。

Linux R

carパッケージを使いたいのに、依存パッケージがR 3.2.3以降じゃないとインストールできないと怒られた。aptのr-baseは現時点で3.2.2なのでCRANからRをインストールすることにした。

ということで、Rのバージョンを更新してcarを入れるまでが今回の目標。

参考URL:

https://cran.ism.ac.jp/bin/linux/ubuntu/README

stackoverflow.com

sources.listの更新

まずはsources.listにCRANミラーを登録する。

sudo vim /etc/apt/sources.list

ファイルに次の一行を追加。使用するCRANミラーを書けばいい。Ubuntuの場合はバージョンによって最後の文字列を変える。今回はマシンがUbuntu15.10(Wily Werewolf)なのでubuntu wilyを記述

deb http://cran.ism.ac.jp/bin/linux/ubuntu wily/

ミラーとして統計数理研究所を使ったが、他のCRANのミラーは下記サイトで確認。日本国内では3つ(実質2つ)登録されている。

CRAN - Mirrors

公開鍵の取得

CRANサーバに接続するのに公開鍵が必要。READMEを見るとE084DAB9を使えとのこと。

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9

通常はこれでできるんだけど、認証プロキシかつポート11371をブロックしている環境では、下記のコマンドで公開鍵を取ってこれる。プロキシはkeyserver-optionを使うことで設定が可能。

gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --keyserver-option http-proxy=http://your.proxy:8080 --recv-keys E084DAB9

続いて下記コマンドを実行

gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

ここまででCRANの追加とそこへ接続するための公開鍵の設定が終了。

あとはupgrade

CRANサーバを登録したらあとはいつも通りにやればいい。apt updateとupgradeしたらインストール完了。

sudo apt update
sudo apt upgrade

無事にRを3.2.5をインストールできたようです。

version

major          3                           
minor          2.5                         
year           2016                        
month          04                          
day            14                          
svn rev        70478                       
language       R                           
version.string R version 3.2.5 (2016-04-14)
nickname       Very, Very Secure Dishes   

carのインストール

Rさえバージョンアップできればパッケージはいつも通りにinstall.packaagesコマンドを使うだけ。

install.packages("car")

依存するパッケージがRのバージョンを満たしたため問題なくインストールできたようです。Rのパッケージ作っている人は新しいRでしか面倒見ないという人がちらほらいるようですね。